Vào ngày 3 tháng 7 năm 2018, Bão Prapiroon mang mưa lớn và gió đến khu vực Tây Nam Nhật Bản.[5] Trong những ngày sau, dòng chảy phía nam từ cơn bão làm độ ẩm tăng lên sau đó tương tác với một frông tĩnh theo mùa.[5][6] Cơn lũ chết người bắt đầu vào ngày 5 tháng 7, chủ yếu ở vùng Kansai. Vùng này từng bị động đất tàn phá nhà cửa ba tuần trước. Mưa lớn sau đó lan rộng đến những vùng khác của Nhật Bản,[7] kéo dài về phía Tây Okinawa.[6]